食品を輸出する際の手続き｜具体的な流れと注意点を解説

2026年3月13日

食品の海外輸出では、輸出先ごと、品目ごとの規制を正確に把握したうえで、さまざまな書類の作成が必要です。

この記事では、食品を輸出する際に手続きが必要な食品、具体的な手続きの流れ、食品輸出の手続きにおける注意点などについて解説します。

トラブルを防ぎ、スムーズに海外展開を進めるための参考にしてください。

この記事でわかること

輸出の際に手続きが必要な食品
食品の輸出手続きの流れ
食品輸出の手続きにおける注意点

輸出の際に手続きが必要になる食品

食品輸出では品目ごとに規制が異なり、すべての商品が自由に送れるわけではありません。なかでも以下に挙げる食品は、検疫や証明書の取得が必須となるケースが多く、国ごとのルール確認が不可欠です。

農産物
畜産物
水産物
加工食品

自社商品が該当するかを確認し、準備する際の参考にしてください。

農産物

米や野菜、果実などの農産物を輸出する際には、各品目の固有の規制に注意が必要です。

なかでも重要なのが、相手国への病害虫の侵入を防ぐための「植物検疫」で、植物防疫所での輸出検査が義務付けられています。

また、相手国が定める「残留農薬」の基準値を超える場合、輸入が許可されません。

さらに、一部の国や地域では、原発事故に関連して放射性物質に関する証明書が求められることもあります。

輸出前には必ず植物防疫所や相手国当局に最新の規制情報を確認し、必要な手続きを行うことが重要です。

畜産物

食肉などの畜産物を輸出するには、まず相手国が日本からの輸入を許可しているかの確認が不可欠です。

輸出が可能な場合でも、多くの国では指定された認定衛生施設での処理が条件となり、公式な「衛生証明書」の添付が求められます。

加えて、家畜伝染病の侵入を防ぐため、動物検疫所で検査を受けて「輸出検疫証明書」を取得する必要があります。

また、国内で鳥インフルエンザなどが発生した場合、相手国が輸入を急停止するリスクも念頭に置かなければなりません。

手続きは非常に複雑かつ厳格なため、計画段階で必ず動物検疫所や相手国当局へ問い合わせ、最新の規制情報を把握しておくことが大切です。

水産物

水産物を輸出する際は、衛生管理に関する規制と、原発事故に関連した追加規制への対応が求められます。多くの国では、衛生基準を満たす施設としての認定を受け、商品の安全性を公的に証明する「衛生証明書」の添付が必須です。

また、マグロやキャビアなど一部の品目については、ワシントン条約に基づく漁獲証明書や施設登録といった特別な手続きが求められる場合があります。

国ごとの要件は水産庁のウェブサイトで確認できますが、規則が変更されることもあるため、最終的には現地の輸入業者を通じて相手国当局へ直接確認することが不可欠です。

加工食品

菓子や調味料などの加工食品を輸出する際は、使用されている原材料に応じて検疫が必要になります。

例えば、原料に肉エキスや乳製品が含まれていれば「動物検疫」、野菜や果物が使われていれば「植物検疫」の対象となる場合があります。加工度が高いからといって、必ずしも検査が免除されるわけではありません。

また、一部の国や地域では原発事故関連の規制に基づき、放射性物質に関する証明書が求められることもあります。

国ごとに規制は多様で複雑なため、JETROの情報を参考にしつつ、最終的には現地の輸入業者を通じて相手国当局へ最新の要件を直接確認することが不可欠です。

食品の輸出手続きの流れ

食品輸出は国内取引とは異なり、相手国の規制確認や検疫、通関といった複雑な工程を踏む必要があります。手順を誤ると貨物が現地で差し止められるリスクもあるため、全体の流れを把握しておくことが重要です。

ここでは、市場調査などの準備段階から実際の船積みまでの実務フローを、順を追って解説します。

①輸出先の食品関連法規・規制の調査

食品輸出を成功させる上で最も重要かつ最初のステップが、相手国の法規・規制の調査です。

国によって食品添加物、残留農薬、アレルギー表示、衛生基準などは大きく異なり、日本の常識が通用しないケースがほとんどです。

調査を怠ると、輸出した商品が港で差し止められたり、最悪の場合は廃棄処分となったりする甚大なリスクを伴います。

J ETROや農林水産省が公開するレポートを活用するほか、現地の展示会に参加して生きた情報を集めることも有効です。

得た情報に基づき、自社製品が市場のニーズに合致しているか、価格設定は適切かなどを分析し、具体的な貿易計画を策定することが、後の手続きを円滑に進めるうえで重要です。

②輸送を担う事業者の選定・契約

国際輸送や通関手続きは、専門的な知識と経験を要する複雑な業務です。

これらすべてを自社で完結させるのは現実的ではないため、信頼できる専門事業者との連携が欠かせません。

特に、食品輸送の実績が豊富な「フォワーダー(貨物利用運送事業者)」や「海貨業者」は、煩雑な船積み手配、保険の付保、通関手続きなどを一手に代行してくれます。

彼らは単なる作業代行者ではなく、輸出におけるリスクを共に分担し、正確な書類作成のサポートや現地輸入者との円滑なコミュニケーションを助けてくれる、重要なビジネスパートナーです。

選定の際は、複数の業者から見積もりを取り、コストだけでなくサポート体制や実績を比較検討することが大切です。自社の事情を理解し、長期的な関係を築ける事業者と契約を結ぶことが輸出成功に繋がります。

③商品の準備（ラベル作成・梱包)

輸出先の規制調査と輸送業者の選定が完了したら、いよいよ商品を輸出仕様に整える物理的な準備に入ります。

まず、相手国の法律で定められた言語で、アレルギー情報や栄養成分などを正確に記載したラベルを作成し、商品に貼り付けます。ラベル記載の不備は輸入差し止めの最も多い原因の一つであるため、現地のルールを遵守し細心の注意を払わなければなりません。

次に、長距離の海上・航空輸送に耐えられるよう、衝撃や温度変化から商品を守る頑丈な梱包を施します。特に冷蔵・冷凍品の場合は、鮮度を保つために適切な温度管理が可能な梱包資材の選定が不可欠です。

これらの準備が整った商品は、自社または委託業者の倉庫でコンテナに効率良く積み込まれ、万全な状態で出荷の時を待ちます。

④輸出に必要な証明書等の取得

商品をスムーズに輸入してもらうためには、その安全性や、相手国の基準をクリアしていることを公的に証明する書類の準備が必要です。

代表的なものとして、日本の保健所などが衛生基準への適合を認める「衛生証明書」や、日本製であることを商工会議所が証明する「原産地証明書」が挙げられます。

さらに、国や品目によっては、これら以外にも「自由販売証明書」や詳細な「成分分析表」など、多岐にわたる書類が要求されることもあります。

各種証明書は申請から発行まで数週間かかる場合も多いため、他の手続きと並行して、できるだけ早い段階で準備に着手することが重要です。

すべての食品に共通して必要な書類	・施設認定・衛生証明書・産地証明書・自由販売証明書など
食品ごとに必要になる証明書	・農産物(青果・米など) 植物検疫証明書、残留農薬等への規制対応・畜産物(食肉、食肉加工品など)・水産物(活水産物、水産食品など)輸出検疫証明書・加工食品植物検疫証明書、輸出検疫証明書

⑤船積書類の作成と輸出申告

貨物を船や飛行機に搭載する許可を税関から得るためには、「輸出申告」の手続きを行う必要があります。

申告には、取引内容を示す「インボイス（商業送り状）」と、梱包ごとの内容物や重量を記載した「パッキングリスト（梱包明細書）」といった主要な船積書類が必須です。これらの作成はフォワーダーと連携して進め、NACCS（電子通関システム）を通じて申告を代行してもらうケースが一般的です。

申告と並行して、貨物を港や空港の「保税地域」へ搬入します。従来は搬入後の申告が原則でしたが、法令改正により、現在では搬入前に申告することも可能となり、手続きの迅速化が進んでいる状況です。

食品を輸出する場合は、インボイスやパッキングリストなどの基本書類に加えて、輸出先の規制に応じた証明書類（例：検疫証明書、衛生証明書など）が必要となるケースがあります。

これらの書類が揃っていないと通関が許可されないため、事前に必要要件を確認して準備しておくことが重要です。

代表的な書類と概要一覧は以下の通りです。

衛生証明書	食品が衛生的な環境で製造され、人への健康被害がないことを証明する書類。厚生労働省や保健所などが発行。
動植物検疫証明書	肉製品や青果物が病害虫や家畜伝染病に汚染されていないことを証明する書類。動物検疫所や植物防疫所が発行。
原産地証明書	商品の原産国を証明する書類。相手国との協定に基づく関税の減免（EPA/FTA）を受ける際などに必須となり、商工会議所などが発行。
自由販売証明書	輸出する食品が日本国内で法令に違反することなく、自由に流通・販売されていることを証明する書類。農林水産省などが発行。
放射性物質検査証明書	一部の国・地域向けに、放射性物質が基準値以下であることを証明する書類。

⑥税関検査と輸出許可

輸出申告が正式に受理されると、税関による審査・検査が実施されます。これは、申告された内容と実際の貨物が一致しているか、またその輸出が法律上問題ないかを確認するための最終的なチェックです。

審査は主に、提出された書類内容を確認する「書類審査」と、必要に応じて実際の貨物を開封して中身を確認する「貨物検査」の2段階です。

通常は書類審査のみで完了しますが、テロ対策としてランダムで行われる抽出検査や、申告内容に疑義がある場合に行われる現地での貨物検査が追加されることもあります。

審査・検査を経て問題がないと判断されると、税関から正式な「輸出許可書」が発行されます。この許可を得て初めて貨物は法的に「外国貨物」として扱われ、船や飛行機への積み込みが可能となるのです。

⑦現地での輸入通関と納品

日本での輸出許可はゴールではありません。貨物が相手国に到着後、現地の税関での「輸入通関」をクリアすることで、初めて取引は成立します。この手続きは、現地の輸入パートナーが主導するのが一般的です。

現地の税関では、日本の輸出時と同様に書類審査や貨物検査を行い、特に食品の安全基準については厳しくチェックされます。なお、関税や現地の消費税（付加価値税など）が課税されるのはこのタイミングです。

無事に審査を通過し輸入許可が下りると、貨物の所有権を示す重要書類であるB/L（船荷証券）と引き換えに、商品が輸入者へと引き渡されます。最後に契約に基づいた代金決済が完了すれば、輸出プロセスはすべて終了です。

食品輸出の手続きにおける注意点

食品の輸出は、国内取引の延長線上で考えると予期せぬトラブルに直面します。相手国の規制は頻繁に変更され、ラベルの表記ミス一つで廃棄処分になることも珍しくありません。

ここでは、食品輸出の手続きにおける注意点として、以下の3点を紹介します。

残留農薬・食品添加物などの使用基準を遵守する
輸出規制に関する情報を把握する
輸出先の国・地域の許可制度を確認する

輸出規制に関する情報を把握する

食品輸出において最も陥りやすく、かつ致命的な失敗が、相手国の規制情報の見落としです。

日本では当たり前に使われる食品添加物が禁止されていたり、原発事故に関連する独自の証明書が求められたり、特定の衛生管理の施設認定が必須であったりと、そのルールは国や地域によって全く異なります。
また、畜産物や植物由来の原料が含まれる場合、厳しい検疫も課せられます。これらの規制を一つでも見落とすと、商品は現地港で差し止められ、最悪の場合は全量廃棄という甚大な損失に繋がりかねません。JETROのウェブサイトなどを活用し、必ず最新の正確な情報を事前に把握し、対策を講じることが不可欠です。